这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
憧憬成为帅气的大魔法使的赛特，为了打倒来自天空的怪物涅墨西斯，每天都在努力的进行魔法特训，但赛特的训练一直不顺利，总是引起纠纷给村子里的人添麻烦。某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子，为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地，在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。
小糸侑（高田忧希 配音）是一名平凡的女子高中生，也是朋友们心目中的“好好先生”，可只有她自己心里明白，每当自己面对别人付出的感情时，都会感到巨大的隔阂。喜欢帮助别人也并不是因为自己天性如此，只是不懂得如何拒绝而已。
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很多人一定还记得这首歌“美琪和她妈妈到山上去，发生一件事情很稀奇，她们遇到一只黄色的小野猫，跟着他们不离去……”随着这部动画的热播，这首主题曲也广为流传。歌词的内容即可概括故事的剧情。小学一年级的木叶美琪和爸爸妈妈到山上去玩，在树林里，意外发现了一只橘色长尾巴的狸猫。小狸猫长得很可爱，又无家可归，于是美琪一家把狸猫带回了家，把她命名为“叮当猫”。叮当猫会施展各种法术，惹出了不少有趣的故事，带给大家很多欢乐。
