据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
然而───这群人的真实身份，是与企图毁灭世界的神秘灾难抗争的英雄。通过现场演出 让人们为之狂热，并集结这份力量而战。但由于表面上看起来只是演出，世人并不知道这群人是英雄。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
「我」曾一时攀上超热门在线游戏「艾克斯之门ＯＮＬＩＮＥ」的巅峰。在完成某次重大故事后的隔天，想登入游戏时，突然收到「赋予你全新使命」的提示讯息。当我按下「ＹＥＳ」的瞬间，世界被反转了──醒来后，映入「我」眼帘的是──！？
本作讲述从小就被诅咒「只要碰触到东西就全都会死亡」的贵族少爷，以及唯一愿意陪伴且不时性骚扰他的女仆爱丽丝，两人虽两情相悦却不能触碰彼此的恋爱故事。
